CLASSIFICATION DES BACTERIES

La science du classement des individus est appelée taxonomie (ou taxinomie) ou systématique. Un classement consiste à former des groupes d'individus qui se ressemblent selon des critères prédéfinis et à éliminer ceux qui s'en distinguent qui pourront former un autre groupe avec leurs semblables. Ces groupes sont appelés taxons. Deux ou plusieurs taxons peuvent, si on assouplit les critères en ne tenant plus compte de certains caractères distinctifs, être à leur tour groupés en un nouveau taxon d'un niveau hiérarchique supérieur qui comprendra un plus grand nombre d'individus. De regroupements en regroupements, on arriverait à faire rentrer tous les individus dans un même ensemble.

La taxonomie est essentielle pour l'identification et la nomenclature des souches bactériennes que l'on isole chez les malades ou dans leur environnement. Les règles qu'on applique sont celles édictées par Linné en 1753 pour classer les végétaux ; elles sont également utilisées par les zoologistes pour classer les animaux.

Les échelons hiérarchiques sont : règne, embranchement, classe, ordre, famille, genre et espèce. On utilise parfois des échelons intermédiaires : sous-embranchement, tribu (sous famille), ou sous espèce.

Principaux niveaux de classification des êtres vivants (d'après J.P. Regnault)

Ordre, famille, genre et espèce, les plus utilisés en bactériologie médicale, sont exprimés par un terme latin (imprimé en caractères italiques ou soulignés) dont la terminaison est "ales" pour l'ordre, "aceae" pour la famille, "us", "er" (masculin) ou "a" (féminin) pour le genre et l'espèce qui sont accordés grammaticalement. En pratique courante, genre et espèce suffisent pour caractériser une souche. L'initiale du nom du genre s'écrit en caractère majuscule, le reste de ce nom s'écrit en minuscules comme le nom de l'espèce même si celui-ci provient d'un nom propre de personne et sans trait d'union, même s'il est formé de deux mots. 
Ainsi, on doit écrire et prononcer par exemple :
Haemophilus parainfluenzae, Acinetobacter lwooffii, Staphylococcus aureus, Levinea malonatica

Règne

Protistes

Animal

Embranchement

Procaryote

Vertébrés

Classe

Schizomycètes

Mammifères

Ordre

Micrococcales

Carnassiers

Famille

Micrococcaceae

Félidés

Genre

Staphylococcus

Felis

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