AUTRES PSEUDOMONAS

Un bacille à Gram négatif qui se développe facilement sur milieux usuels, aérobie strict, mobile et incapable de fermenter les sucres peut appartenir au genre Pseudomonas. La production, presque constante, d’oxydase, l’odeur caractéristique des cultures et la présence de pigments sont aussi des critères d’orientation très probants.

Les résultats des tests biochimiques et de l’auxanogramme qui étudie l’assimilation de divers substrats comme source de carbone et d’énergie précisent le diagnostic d’espèce. Des galeries miniaturisées, parfois automatisables, facilitent grandement la démarche diagnostique au laboratoire.

HABITAT ET POUVOIR PATHOGENE

Les différentes espèces du genre Pseudomonas sont des saprophytes des eaux et des sols. On les rencontre dans l'environnement hospitalier à des fréquences variables selon les lieux. Chez les malades, ils se comportent comme des contaminants ou des pathogènes opportunistes quand ils sont introduits en grande quantité dans l'organisme et ceci d'autant plus facilement que les défenses de l’hôte sont diminuées. Ils sont souvent en cause dans de petites épidémies d'infections nosocomiales localisées à un service ou à un hôpital.

Les espèces les plus fréquemment rencontrées sont Pseudomonas fluorescens, putida, cepacia, Xanthomonas maltophilia et à un moindre degré, Pseudomonas stutzeri, pseudoalcaligenes et acidovorans.

Certaines espèces ont un pouvoir pathogène ou des caractères particuliers (voir ci dessous).

SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES

Les Pseudomonas sont réputés assez résistants aux antibiotiques avec toutefois de grandes disparités selon les espèces.

L’antibiotype constitue une aide au diagnostic d’espèce.

PSEUDOMONAS MALLEI

C’est le bacille de la morve. La morve est une maladie, devenue très rare, qui atteint les solipèdes (cheval, âne, mulet) et accidentellement l’homme par contact direct avec les animaux. Elle se manifeste par des lésions cutanées et muqueuses (muqueuse pituitaire surtout) sous forme d’abcès. Chez l’homme, on observe des formes septicémiques, parfois foudroyantes et des formes respiratoires avec abcès.

La bactérie est immobile, réputée sensible aux antibiotiques et aux sulfamides.. C’est un parasite strict de l’animal et occasionnellement de l’homme qui ne se rencontre pas dans la nature.

PSEUDOMONAS PSEUDOMALLEI

Appelé aussi bacille de Whitmore, Pseudomonas pseudomallei est responsable de la mélioïdose ou pseudomorve.

La maladie frappe de nombreuses espèces animales: chevaux, bovins, ovins, caprins, porcins et petits rongeurs sauvages. Elle peut occasionnellement toucher l’homme. Son expression clinique est très variable : formes foudroyantes septicémiques, formes septicopyohémiques avec bactériémie et localisations viscérales dans les poumons, les reins ou le foie, formes chroniques avec abcès cutanés, osseux, pulmonaires ou hépatiques et même formes inapparentes. Avant 1950, on n’isolait le germe que dans l’Asie du sud-est, sa niche écologique étant l’eau des rizières. Entre les années 1950 et 1970, sans que l’on sache pourquoi, (guerre du Viêt-nam ou meilleures connaissances bactériologiques ?) on l’a trouvé dans les sols humides (zoos, porcheries, écuries, manèges, fumiers, points d’eau et même piscines) de différents continents. En France, une épidémie a éclaté en 1976 chez les animaux du jardin des Plantes à Paris puis en 1978 chez les chevaux d’une écurie en Mayenne. En 1992, 4 souches ont été isolées en France (chez une femme cambodgienne rescapée d'un camp de réfugiés, chez un singe importé frauduleusement de Java, chez un cavalier victime d'une fracture ouverte après une chute de cheval et chez un nouveau-né hospitalisé à l'hôpital Saint Antoine à Lille…). Le germe paraît donc beaucoup plus ubiquitaire qu'on ne le pensait classiquement.

La bactérie est mobile, capsulée, non pigmentée. Les cultures exhalent une forte odeur de truffe. Ses activités métaboliques sont nombreuses. Il possède des antigènes O (LPS) et des antigènes H et de surface permettant un sérodiagnostic. L’inoculation à la souris permet d’évaluer le pouvoir pathogène de la souche.

Les antibiotiques actifs sont les cyclines, le chloramphénicol, les aminosides mais les bétalactamines sont peu efficaces.

STENOTROPHOMONAS MALTOPHILIA

Stenotrophomonas  maltophilia, (ex  Xanthomonas maltophilia) est un bacille à Gram négatif, aérobie strict, à ciliature polaire multitriche ne fermentant pas les sucres mais attaquant par voie oxydative certains d’entre eux et en particulier le maltose. La présence de méthionine dans les milieux de culture est indispensable à sa croissance. Absence d'oxydase, présence de lysine-décarboxylase, liquéfaction de la gélatine et hydrolyse de l'esculine sont les caractères les plus utiles à son identification.

C’est une bactérie ubiquitaire que l'on trouve dans les eaux, les sols et sur les plantes. A l’hôpital, elle peut contaminer les points d’eaux (robinets, siphons), les matériels médicaux ou liquides antiseptiques. Difficile à éradiquer à cause de sa multitrésistance aux antibiotiques (notamment aux carbapénems), elle est souvent responsable d’infections nosocomiales.

ALTEROMONAS ou SCHEWANELLA

Les bactéries du genre Alteromonas sont des bactéries marines qui ne se développent qu’en présence de fortes concentrations salines (bactéries halophiles) ... sauf Alteromonas putrefaciens qui est halotolérante : elle supporte mais n’exige pas la présence de NaCl.

De nombreux caractères distinguant l’espèce putrefaciens des autres Alteromonas et des Pseudomonas, on a créé un nouveau genre : Schewanella : Schewanella putrefaciens est une bactérie ubiquitaire assez sensible aux antibiotiques, présente dans l'environnement et pouvant occasionner, chez l'homme, des abcès, otites, ostéites et bactériémies. Elle est mobile, aérobie préférentielle, donc capable d'une faible croissance en anaérobiose. En culture, elle répand une forte odeur de pourriture (d’où son nom). Elle est non fermentante, posséde une oxydase, une ornithine-décarboxylase (ODC+) mais surtout une thiosulfatase très active (H2S+) donnant des colonies noires sur milieu de Kligler et pigmentées en rose-saumon sur gélose ordinaire.

Dotée d’un fort pouvoir protéolytique et lipolytique, Schewanella putrefaciens est un agent d’altération des denrées alimentaires.

AGROBACTERIUM

Ce sont des bactéries phytotropes, formant des tumeurs chez les plantes (Agrobacterium tumefaciens) dont un pathovar dénommé Agrobacterium radiobacter peut être isolé chez l'homme.

ALCALIGENES

Le genre Alcaligenes comprend de nombreuses espèces saprophytes de l’eau qu'on trouve dans l'environnement et qu'on peut isoler chez l'homme. Ce sont des bactéries aérobies strictes, mobiles par cils péritriches, oxydase +.

ALCALIGENES FAECALIS

Occupe la même niche écologique que les Pseudomonas. Sensible aux antibiotiques, Alcaligenes n'a pas de pouvoir pathogène particulier mais est parfois isolée de prélèvements humains à l'hôpital.

ALCALIGENES DENITRIFICANS subsp DENITRIFICANS et XYLOSOXIDANS

Ces espèces sont beaucoup plus résistantes aux antibiotiques, surtout la sous-espèce xylosoxidans. Elles sont isolées comme faecalis en milieu hospitalier. La sous-espèce xylosoxidans est plus souvent responsable d’infections nosocomiales que faecalis.

ALCALIGENES PIECHAUDII

Cette espèce est rarement isolée.

FLAVOBACTERIUM

Les Flavobacterium sont ainsi appelés parce que certaines souches sont pigmentées en jaune pâle. Ce sont des bacilles à Gram négatif, aérobies stricts, immobiles. On les trouve dans l'environnement, dans les eaux, les sols, dans les aliments et dans l'environnement hospitalier. Ils sont non fermentants, attaquent le glucose par voie oxydative et possèdent une oxydase. Ils produisent de l'indole et possèdent des enzymes protéolytiques (gélatinase).

Ils sont généralement très résistants aux antibiotiques mais, paradoxalement, sont sensibles aux macrolides et à la rifampicine.

Flavobacterium breve, pathogène opportuniste, est parfois isolé des urines, des sécrétions vaginales, de suppurations diverses et exceptionnellement d'hémocultures.

Flavobacterium meningosepticum est redoutable car il est responsable de méningites et septicémies gravissimes en néonatalogie.

ACINETOBACTER

Séparé du genre ancien et confus des Achromobacter en 1954 (Brisou et Prévot) et défini en 1983 (Bouvet et Grimont), le genre Acinetobacter comprend actuellement 12 espèces dont :

Acinetobacter calcoaceticus

Acinetobacter baumannii

Acinetobacter haemolyticus

Acinetobacter junii

Acinetobacter johnsonii

Acinetobacter lwoffii

Ce sont des bactéries ubiquitaires avec cependant certaines particularités : baumannii est l’espèce " hospitalière " type, calcoaceticus est souvent isolée des sols, johnsonii fait partie de la flore cutanée normale de l’homme.

La morphologie des Acinetobacter est très caractéristique, mélangeant diplobacilles principalement, diplocoques et rares formes longues, à Gram négatif (avec parfois quelques difficultés de décoloration), toutes ces formes sont immobiles.

La culture est facile sur les milieux courants et sur milieux spéciaux pour entérobactéries. Les caractères biochimiques sont lactose - , nitrate - , oxydase - (ce qui les différencie des Neisseria et des Moraxella qui ont une morphologie identique), catalase +. Pour l’identification des espèces, on se réfère à différentes propriétés : possibilité de culture à 37, 41 et 44°C (seul baumannii se développe à 44°C), oxydation du glucose, hydrolyse de la gélatine et résultat de l’auxanogramme.

Les marqueurs épidémiologiques utiles sont les biotypes, les lysotypes, les sérotypes, les antibiotypes et les profils électrophorétiques des protéines traitées par le dodécylate de sodium.

Acinetobacter baumannii et, à un moindre degré, les autres Acinetobacter, sont des bactéries qu’on isole en milieu hospitalier de prélèvements effectués chez des malades des services de réanimation ou de soins intensifs. 
C’est la bactérie "médicale" la plus résistante aux antibiotiques.

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