PETIT LEXIQUE VIROLOGIQUE

ambisens

le génome de certains virus est un ARN monocaténaire segmenté. Un ou plusieurs segments sont ambisens : une portion du segment est ARN - et l'autre portion, soudée à la première, est ARN + .

Arenavirus et quelques Bunyavirus ont un tel génome.

anti-oncogène

gène codant une protéine capable de s’opposer à l’action d’un gène oncogène.

arbovirus

(arbovirus = arthropode borne virus)

virus transmis par piqûres d'arthropodes (insectes divers, surtout les moustiques, les tiques et les puces).

On connaît plus de 500 arbovirus dont 80 sont capables d'infecter l'homme.

ARN polymérase

ce terme est utilisé lorsqu'une distinction ne peut être faite entre les enzymes de réplication (ARN réplicases ou réplicases) et les enzymes de transcription (ARN transcriptases ou transcriptases) : c'est le cas pour l'enzyme du virus poliomyélitique.

ARN réplicase

ce terme est réservé à l'enzyme qui synthétise les brins génomiques (les génomes de la descendance), quelle que soit leur polarité.

abrégé : la réplicase

ARN transcriptase

ce terme est réservé à l'enzyme associée au virion et qui synthétise l'ARN messager.

abrégé : la transcriptase

assemblage

phase terminale du cycle de multiplication d’un virus au cours de laquelle tous les composants nécessaires à la formation de nouveaux virions se condensent en des sites particuliers de la cellule et s’assemblent, le plus souvent par un processus d’auto-assemblage.

bactériophage

souvent appelé "phage"

virus qui se réplique dans une bactérie.

bourgeonnement

phase de libération des virus enveloppés par extrusion (on dit aussi par "bourgeonnement) à travers une membrane cellulaire (cytoplasmique le plus souvent, nucléaire, ou réticulum endoplasmique).

brin codant, brin non codant

Une ambiguïté existe sur les termes de brin codant et brin non codant.

En effet, pour certains auteurs, le terme de brin codant désigne soit le brin transcrit, soit le brin non transcrit.

On a adopté la convention de désigner comme brin codant le brin non transcrit, c'est à dire le brin possédant la séquence de l'ARN messager codé (à une substitution de bases près (U/T).

brin négatif

brin d’acide nucléique dont la séquence de base est complémentaire de celle du brin codant.

virus dont le génome est composé d’un brin d’acide nucléique négatif (le brin est souvent un ARN mais peut être aussi, rarement, un ADN).

cadre de lecture

une des trois phases possibles de lecture de l'enchaînement des triplets sur un brin d'ADN ou d'ARN.

Un cadre de lecture est dit "ouvert" pour une séquence nucléotidique ne comportant qu'une succession de codons signifiants (hormis le codon stop à son extrémité).

capside

du grec capsa : la boite

coque protéique rigide protégeant le génome viral.

la capside permet de définir le type de symétrie du virus : hélicoïdale, icosaédrale (ou cubique), mixte (les phages avec une queue) ou complexe (Poxvirus).

capsomère

unité morphologique de la capside, visible au microscope électronique, constituée par l'assemblage de sous-unités protéiques identiques ou différentes.

cellule en lignée continue

cellule devenue capable de croître indéfiniment (cellule "immortalisée").

Ainsi, les cellules Hela ont été isolées en 1951 d'une patiente atteinte d'un carcinome du col de l'utérus (Elle s'appelait Helen Lane).

Les cellules en lignée continue sont utilisées pour la multiplication des virus.

cis-acting

élément génétique affectant l’activité d’une région contiguë (c’est à dire sur la même molécule d’acide nucléique). Promoteurs de transcription et " enhancers " sont des séquences " cis-acting " adjacentes aux gènes dont ils contrôlent la transcription.

coiffe

motif de 7-méthyl-guanine, rattaché au premier nucléotide des ARN messagers viraux de l'hôte et des ARN-m viraux par une liaison inhabituelle 5'- 5'.

décapsidation

terme définissant les événements qui surviennent après la pénétration du virion dans la cellule-hôte : la capside est partiellement ou totalement décomposée et le génome se trouve en contact avec le cytoplasme sous la forme d’un complexe nucléo-protéique.

éclipse

période du cycle de multiplication d’un virus au cours de laquelle aucune particule virale complète n’est visible : la phase d’éclipse commence à la décapsidation et se termine à la phase d’assemblage. La période d'éclipse correspond aux synthèses des constituants du virus : réplication du génome et synthèse des protéines virales.

enhancers

éléments génétiques agissant en cis (cis-acting elements) qui activent la transcription des gènes ou la traduction des ARN-m.

enveloppe

membrane cellulaire remaniée acquise par les virus "enveloppés" au moment de la phase de libération.

épissage différentiel

correspond à l'existence de plusieurs schémas d'épissage d'un transcrit primaire d'ARN, aboutissant à la formation de différents ARN-messagers et pouvant donner lieu à la synthèse de plusieurs protéines différentes.

eucaryote

organisme dont le matériel génétique – des paires de chromosomes identiques (donc diploïde : 2 n) – est isolé du cytoplasme par une membrane nucléaire.

forme réplicative (FR)

intermédiaire nucléique à deux brins d'ARN permettant la réplication du génome viral.

gènes chevauchants

Une même séquence génétique peut être lue dans 2 ou 3 cadres de lecture différents, doublant ou triplant les capacités de codage.

Les Papovavirus, le virus de l'hépatite B utilisent cette stratégie économique.

gènes précoces

gènes transcrits et traduits dès la pénétration du virus

gènes tardifs

gènes viraux s'exprimant après le déclenchement de la réplication du génome viral

hémagglutination

agglutination des globules rouges par des protéines virales (d'enveloppe ou de capside).

hétéroduplex

appariement de chaînes nucléotidiques complémentaires, de nature différente (hétéroduplex ADN/ARN) ou d'origine différente.

icosaèdre

(eikosi = 20)

solide à vingt faces planes.

l'icosaèdre régulier a pour faces vingt triangles équilatéraux égaux.

infection abortive

infection virale au cours de laquelle le cycle de multiplication s'arrête prématurément sans qu'il y ait production de nouveaux virions.

infection productive

infection virale "complète" à l'issue de laquelle des nouveaux virions apparaissent.

intégration

insertion d'une séquence exogène dans l'ADN génomique d'une cellule-hôte. Cette intégration est catalysée par une endonucléase nommée intégrase chez les rétrovirus. Le génome viral intégré sous forme d'ADN est appelé le provirus.

IRES

(internal ribosome entry site)

région du génome des virus à ARN + qui permet l'association des sous-unités ribosomiques et la traduction du génome viral.

kb

(kilobase =1000 nucléotides)

unité de mesure des acides nucléiques monocaténaires.

kbp

(kilobase pairs = 1000 paires de nucléotides)

unité de mesure des acides nucléiques bicaténaires.

lysogénie

possibilité pour un phage de se maintenir sous une forme intégrée (prophage) dans l'appareil nucléaire d'une bactérie sans entraîner de lyse bactérienne.

l'induction du prophage entraîne sa séparation du génome bactérien et son entrée dans un cycle de multiplication.

maturation

phase tardive du cycle au cours de laquelle sont observés des changements de structure de la particule virale liés à la protéolyse de certaines protéines de capside par une protéase virale.

La maturation est indispensable pour que la particule virale soit infectieuse.

 

monocistronique

ARN messager (ARN-m) transcrit d’un seul gène (un cistron = un gène) et codant, par conséquent, un seul polypeptide.

se dit aussi d’un génome viral produisant de tels ARN-m

montage (splicing)

modification de l’ARN transcrit dans le noyau de la cellule eucaryote : les introns sont éliminés tandis que les exons sont collés bout à bout, l’ensemble constituant l’ARN messager qui se rend dans le cytoplasme où il sera traduit par les ribosomes.

les introns restent à l’intérieur – les exons sont exportés

négatif

brin d'acide nucléique dont la séquence est complémentaire du brin codant.

virus dont le génome est un brin négatif.

nucléocapside

structure résultant de l'association des protéines de capside avec le génome viral.

La nucléocapside représente le virion dans le cas des virus nus.

oncogène

gène codant une protéine capable d’induire la transformation cellulaire.

Un oncogène peut être d’origine cellulaire (gène c-onc) ou d’origine virale (v-onc).

ORF

(open reading frame= séquence à cadre de lecture ouvert)

séquence nucléotidique encadrée par un codon d’initiation AUG en 5’ et par un des trois codons stop en 3’. Une telle séquence est donc susceptible de coder un polypeptide qui peut ne pas avoir encore été identifié.

pandémie

épidémie mondiale.

la grippe, le sida sont des pandémies

peplos

du grec peplos = le manteau

équivalent de l'enveloppe virale (bicouche phospholipidique et protéines)

plasmide

élément génétique extra-chromosomique, capable de réplication autonome.

De tels éléments sont fréquemment rencontrés chez les bactéries et codent des protéines intervenant dans le pouvoir pathogène (des facteurs de virulence) ou dans la résistance aux antibiotiques.

polyadénylation

addition post-transcriptionnelle par la poly-A polymérase d'une longue séquence pouvant atteindre 200 adénines consécutives à l'extrémité 3' de la plupart des ARN cellulaires et viraux en ce qui concerne les virus à multiplication nucléaire.

polycistronique

ARN messager (ARN-m) transcrit de plusieurs gènes contigus (un cistron = un gène) et codant, par conséquent, plusieurs polypeptides. Cet ARN-m est traduit par les ribosomes en une protéine géante qui est ensuite fragmentée.

polyprotéine

protéine géante synthétisée en une seule pièce et qui donnera naissance à plusieurs protéines fonctionnelles après fragmentation par des protéases virales.

polyprotéine

résultat de la transcription d’un ARN-m polycistronique.

Cette polyprotéine est fragmentée par des protéases (virales ou cellulaires) en différentes protéines fonctionnellement différentes.

positif

brin d'acide nucléique dont la séquence code une protéine.

virus dont le génome est un brin positif.

prion

anagramme de proin : proteinaceous infectious particle

protéines particulières que l'on pense responsables de maladies "infectieuses" touchant le cerveau : la maladie de Creutzfeldt-Jakob chez l'homme, l'encéphalopathie spongiforme bovine.

procaryote

micro-organisme dont le matériel génétique - un ADN bicaténaire circulaire unique (donc haploïde : 1 n) – se trouve dans le cytoplasme dont il n’est pas séparé par une membrane nucléaire. Les bactéries sont des procaryotes.

promoteur

région de régulation située en amont de la partie codante des gènes composée du site de fixation de l'ARN polymérase et des sites de fixation des protéines régulatrices. Cette région agit en cis, comme promoteur de la transcription, en facilitant l’assemblage des protéines du complexe de transcription.

prophage

génome d’un bactériophage tempéré (ADN bicaténaire) qui s’intègre dans le chromosome de la bactérie-hôte.

Dans certaines circonstances, le prophage quitte le chromosome et la bactérie multiplie le virus.

voir induction.

protéine de fusion

glycoprotéine virale incluse dans l'enveloppe qui est responsable de la fusion de l'enveloppe virale avec la membrane cellulaire introduisant ainsi la nucléocapside dans le cytoplasme de la cellule-hôte.

protéines précoces et protéines tardives

les protéines précoces, synthétisées avant la réplication, sont le plus souvent des enzymes intervenant dans la réplication du génome.

les protéines tardives sont synthétisées après la réplication : ce sont des protéines de structures : capside, glycoprotéines d'enveloppe, protéine de matrice…

provirus

la rétrotranscription du génome des rétrovirus (ARN +) forme un ADN bicaténaire qui s’intégre dans un chromosome de la cellule-hôte.

L’activation du provirus entraîne sa transcription par la cellule et la multiplication du virus.

quasi-espèces

ensemble d'une population de variants génétiques d’un même virus à ARN, et dont l’apparition est liée aux taux de mutations élevés rencontrés dans cette classe de virus au cours de la réplication virale.

récepteur (viral)

molécule spécifique de la surface d’une cellule à laquelle un virus peut se fixer. Le récepteur d’un virus peut être une protéine ou un sucre d’une glycoprotéine ou d’un glycolipide membranaire.

réplicase

enzyme responsable de la réplication du génome des virus à ARN.

rétrotranscription

synthèse d'un ADN complémentaire bicaténaire (ADNc) à partir d'un ARN, par la transcriptase reverse (ou rétrotranscriptase)

 

rétrotransposon

élément génétique transposable, ressemblant au génome d’un rétrovirus et encadrée par des extrémités répétitives inversées.

ribozymes

molécules naturelles d'ARN douées d'activité catalytique et se comportant comme des enzymes vis-à-vis des ARN.

semi-conservative

désigne le fait qu'au cours de la réplication chaque brin de la double hélice sert de matrice pour former une copie.

signal d'emballage

région du génome viral dont la séquence nucléotidique interagit avec des protéines virales pour permettre l'incorporation d'un génome dans une particule virale.

sonde

séquence d'acide nucléique (ADN ou ARN) d'au moins 15 nucléotides, homologue à une séquence d'ADN ou d'ARN, avec laquelle elle s'hybride de façon stable et spécifique par association entre bases complémentaires.

La sonde subit un marquage radioactif (au 32P, par exemple) ou froid (enzymatique, fluorescent, par chimio ou bioluminescence) afin de repérer et caractériser les hybrides.

suppresseur (ARNt)

ARN-t produit par un gène muté et capable d'incorporer un acide aminé à l'emplacement d'un codon non-sens.

Un ARN-t suppresseur lève le blocage de la traduction par un codon non-sens.

syncytium

c’est le produit de la fusion de plusieurs cellules qui se présente sous la forme d’une masse cytoplasmique incluse dans une membrane et contenant plusieurs noyaux séparés.

transduction

transfert de matériel génétique d'une bactérie à une autre (ou d'une cellule à une autre) par l'intermédiaire d'un virus.

trans-acting (facteur agissant en trans)

élément génétique codant une protéine diffusible qui agit sur des sites de régulation proches ou non du site où elle est produite.

protéines diffusibles capables de moduler l'activité, en plus ou en moins, d'un ou de plusieurs gènes, en interagissant avec les séquences régulatrices (promoteurs).

transcriptase

enzyme responsable de la transcription du génome des virus à ARN - qui est obligatoirement présente dans le virion.

transfection

infection d’une cellule réalisée artificiellement par l’introduction de l’acide nucléique viral seul et non de la particule virale complète.

transformation

toute modification de la morphologie, de la biochimie ou des paramètres de la croissance d’une cellule.

tropisme

définit les tissus ou les cellules-hôtes dans lesquelles un virus est capable de se multiplier.

vaccin

préparation contenant une molécule antigénique ou un mélange d’antigènes suscitant une réponse immunitaire spécifique.

On peut distinguer trois types de vaccins viraux : des vaccins " tués " (virus pathogènes inactivés), des vaccins " vivants " (virus atténués par des mutations), des vaccins " sous-unités " (mélange de sous-unités vaccinantes)

virion

particule virale morphologiquement complète infectieuse.

viroïde

ARN monocaténaire circulaire infectieux de petite taille (200 à 400 nucléotides) ne codant aucune protéine mais capable de se répliquer.

Les viroïdes n’ont été rencontrés jusqu’ici que chez les végétaux.

virus helper

virus suppléant les fonctions absentes dans un virus défectif, lui permettant en cas de co-infection, de se multiplier normalement.

virus lytique

virus provoquant la destruction physique de la cellule infectée au cours de la phase de libération.

Les virus nus sont souvent des virus lytiques.

zoonose

infection transmise de l’animal à l’homme.

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