PRINCIPES DE LA CLASSIFICATION DES VIRUS

 

On a d'abord classé les virus

1° - selon l'organisme parasité :

2° - selon leur mode de transmission :

La classification actuelle

Basée sur l'ensemble des données biochimiques et morphologiques, la classification actuelle, proposée en 1962 par Lwoff, a été adoptée par tous les virologistes.

Dans l'ordre décroissant des critères, on a successivement :

 

1 - LE GENOME 2 - L'ENVELOPPE 3 - LA SYMETRIE DE LA CAPSIDE

1° - la nature du matériel génétique

- ADN

- ARN

2° - la structure de l'acide nucléique

- monocaténaire

- bicaténaire

3° - la forme de l'acide nucléique

- linéaire

- circulaire

- non segmenté

- segmenté

- virus nus (N)

 

 

 

 

 

 

 

- virus enveloppés (E)

 

- symétrie hélicoïdale (H)

 

 

 

- symétrie icosaédrale (I)

 

 

 

- symétrie inconnue (?)

 

 

LA NOMENCLATURE DES VIRUS

Elle se réfère à la classification de Linné : R E C O F G E R V I :

Règne, Embranchement, Classe, ordre, Famille, Genre, espèce, Race, Variété, Individu

...mais en plus simple : R E C O F (s/F) G E R V I :

On répartit les virus en familles elles-mêmes subdivisées en genres qui regroupent les espèces.

les familles

sont désignées par un préfixe latin ou grec suivi de viridae :

(Herpesviridae, Myxoviridae, etc.)

(Picornaviridae vient de pico [petit] et RNA.)

les genres

sont désignés de la même manière. On remplace simplement viridae par virus (les Myxovirus, les Adenovirus).

les espèces

Au genre on ajoute un nom d'espèce :

Herpesvirus simplex

on utilise très souvent des abréviations :

Les virus de l'herpès = HSV 1 et 2 pur Herpes simplex virus)

mais aussi HHV (pour Human herpes viruses)…

 

CLASSIFICATION DES VIRUS INTÉRESSANT L'HOMME

GÉNOME  FAMILLE  Symétrie 

Particularités

ADN bicaténaire Enveloppés Poxviridae

Herpesviridae

Hepadnaviridae

complexe

I

I  +  RT

Nus   Adenoviridae  

Papovaviridae

I

I

monocaténaire Nus   Parvoviridae  
ARN monocaténaire + Enveloppés  Flaviviridae

Togaviridae

Coronaviridae

Retroviridae

H

H

H

?  +  RT

  Nus Picornaviridae

Caliciviridae

I

I

monocaténaire -

et non segmenté

Enveloppés Rhabdoviridae

Filoviridae 

Paramyxoviridae  

H  +  T

H  +  T

H  +  T

 

monocaténaire -

et segmenté

 

(8) Orthomyxoviridae

(2) Arenaviridae 

(3) Bunyaviridae 

H  +  T

H  +  T

H  +  T

bicaténaire segmenté Nus (10) Reoviridae I  +  T

 

Signification des abréviations utilisées dans les tableaux récapitulatifs suivants

 

les virus à ADN

 

les virus à ARN

(2) L

(2) C

(1) L

bicaténaire, linéaire

bicaténaire, circulaire

monocaténaire, linéaire

(+ )

(- )

(+ - )

ARN (+ ) : ARN viral qui peut être traduit par les ribosomes

ARN (- ) : ARN viral qui doit être transcrit (par une transcriptase virale) en ARN-m

ARN ambisens : 1 portion + soudée à une portion -

+ ou -

le génome est un ADN monocaténaire : soit un brin codant (- ), soit un brin non codant (+ )

1 (+ ,+ )

le génome est constitué de 2 ARN (+ ) identiques : c'est un génome diploïde

N

E

virus nu

virus enveloppé

RT

présence d'une rétrotranscriptase associée à la nucléocapside.

RT

présence d'une rétrotranscriptase associée à la nucléocapside.

8 (- )

le génome est un ARN monocaténaire négatif, constitué de 8 segments

240 kb

taille du génome exprimée en kilobases

1 kb = 1000 paires de bases si (2) ou 1000 bases si (1) - 1 Kb = 1 protéine moyenne

10 (+ /- )

le génome est un ARN bicaténaire constitué de 10 segments

 

 

LES VIRUS à ADN

Poxviridae

pox = pustule

(2) L E 240 kb

les plus gros virus

variole

vaccine

virus orf

nodule des trayeurs

molluscum contagiosum

(2) L E 240 kb

les plus gros virus

variole

vaccine

virus orf

nodule des trayeurs

molluscum contagiosum

(myxomatose du lapin)

Herpesviridae

herpes = ramper

(2) L E 150 à 200 kb

(a

HSV-1 bouche

 HSV-2 sexe

VVZ : varicelle-zona

(b

CMV : cytomégalovirus

HHV 6

(g

VEB (Epstein-Barr)

- mononucléose (MNI)

- pouvoir oncogène

HHV 8 (Kaposi ?)

Adenoviridae

tissus adénoïdiens

(2) L N 36 kb

genre Mastadenovirus

40 types humains

oeil : kératites

gorge : angines

intestin : diarrhées

(2) L N 36 kb

genre Mastadenovirus

40 types humains

oeil : kératites

gorge : angines

intestin : diarrhées

pouvoir oncogène expérimental

(sur les rongeurs nouveau-nés)

Papovaviridae

pa po va

(2) C N 5 à 8 kb

genre Papillomavirus :

virus des verrues (>30)

ne cultivent pas

Polyomavirus : oncogènes

virus JC

virus BK

Virus Va cuolant

SV 40 (singe)

Hepadnavirus

hépatite - DNA

(2

(2 partiel) C + RT E 3 kb

virus de l'hépatite B

(VEB)

(env = Ag Hbs)

Ne cultive pas

pouvoir oncogène

 

Parvoviridae

parvo = petit

(1) L + ou - N 5 kb

genre Erythrovirus

Parvovirus B19

érythème infectieux

(la 5° maladie)

genre Dependovirus

AAV

(1) L + ou - N 5 kb

genre Erythrovirus

Parvovirus B19

érythème infectieux

(la 5° maladie)

genre Dependovirus

AAV

(adeno associated virus)

?

LES VIRUS à ARN

Picornaviridae

pico = petit, ARN

1 (+ ) N 6 kb

une grande famille

genre Enterovirus : (> 70)

1 (+ ) N 6 kb

une grande famille

genre Enterovirus : (> 70)

Polio A, B, C

Coxsackie (29) dont A,et B

Echovirus (>30)

genre Hepatovirus

Hépatite A (HAV)

genre Rhinovirus (> 100)

Caliciviridae

calice, coupe

1 (+ ) N 8 kb

capsomères déprimés en forme de coupe

virus Norwalk

gastro-entérites

virus de l'hépatite E

famille proche :

Astroviridae

gastro-entérites

Retroviridae

retro = "qui remonte"

1 (+,+)

1 (+,+) et RT E 10 kb

Oncornavirus :

- HTLV (leucémies T)

Lentivirus :

- VIH 1 et 2 (Sida)

- SIV (singes)

Spumavirus

?

 

Flaviviridae

flavi = jaune

1 (+ ) E 11 kb

genre Flavivirus :

fièvre jaune

dengue

encéphalite japonaise

Arboviroses

genre Hépatite C

1 (+ ) E 11 kb

genre Flavivirus :

fièvre jaune

dengue

encéphalite japonaise

Arboviroses

genre Hépatite C

Togaviridae

toga = la toge

1 (+ ) E 12 kb

genre Alphavirus :

Arboviroses

genre Rubivirus :

virus de la rubéole

1 (+ ) E 12 kb

genre Alphavirus :

Arboviroses

genre Rubivirus :

virus de la rubéole

 

Coronaviridae

corona = la couronne

1 (+ ) E 30 kb

virus des

common

colds

peut être sont-ils responsables d'entérites ?

1 (+ ) E 30 kb

virus des

common

colds

peut être sont-ils responsables d'entérites ?

 

Rhabdoviridae

rhabdo = bâton

1 (- ) E 15 kb

genre Lyssavirus :

les virus de la rage

famille proche :

Filoviridae

filament

virus Ebola

virus Marburg

Fièvres hémorragiques

1 (- ) E 15 kb

genre Lyssavirus :

les virus de la rage

famille proche :

Filoviridae

filament

virus Ebola

virus Marburg

Fièvres hémorragiques

Paramyxoviridae

myxo = mucus

1 (- ) E 15 kb

3 genres :

genre Paramyxovirus :

Parainfluenzae 1, 2, 3

virus des oreillons

genre Rubulavirus :

virus de la rougeole

(virus de la maladie de Carré)

genre Pneumovirus :

Le VRS

1 (- ) E 15 kb

Orthomyxoviridae

myxo = mucus

8 (- ) E 14 kb

les virus de la grippe

3 genres :

8 (- ) E 14 kb

les virus de la grippe

3 genres :

A

animaux

hommes

B

homme

C

homme

animaux

 

Reoviridae

R E O

10 (+/- ) N 23 kb

10 (+/- ) N 23 kb

2 capsides concentriques

R espiratoires

E ntériques

O rphelins

dont

genre ROTAVIRUS

(diarrhées infantiles)

Arenaviridae

arena = le sable

2 (+- ) E 12 kb

virus des rongeurs, pathogènes pour l'homme :

virus Junin (Argentine)

virus Lassa (Afrique)

Fièvres hémorragiques

Arboviroses

 

 

Bunyaviridae

un village de l'Ouganda

3 (- et + - ) E 14 kb 14 kb

une très grande famille (>300)

Fièvres hémorragiques,

encéphalites

genre Hantavirus

3 (- et + - ) E 14 kb 14 kb

une très grande famille (>300)

Fièvres hémorragiques,

encéphalites

genre Hantavirus

virus Hantaan

Arboviroses

 

 

 

 

CLASSIFICATION DES VIRUS PATHOGÈNES POUR L'HOMME

Famille

Ac. nucléique

Enveloppe

Symétrie

Genres

Espèces et pouvoir pathogène

Poxviridae

ADN

+

?

Orthopoxvirus

variole, vaccine

Herpesviridae

ADN

+

Cubique

Herpesvirus

Herpesvirus types 1 et 2 (HSV)

Varicelle –Zona (VVZ)

Epstein Barr (EBV)

Cytomégalovirus (CMV)

Herpesvirus types 6, 7, 8 (HHV)

Papovaviridae

ADN

-

Cubique

Papillomavirus

Polyomavirus

verrues

virus BK, virus JC

Adenoviridae

ADN

-

Cubique

Adenovirus

adénites, conjonctivites

inf. respiratoires , digestives

Parvoviridae

ADN

-

Cubique

Parvovirus

virus de Norwalk

B 19 (mégalérythème)

Hepadnaviridae

ADN

+

Cubique

 

virus de l'hépatite B (HBV)

Orthomyxoviridae

ARN

+

Hélicoïdale

V. influenza A,B,C

grippe

Paramyxoviridae

ARN

+

Hélicoïdale

Paramyxovirus

 

Morbillivirus

Pneumovirus

virus parainfluenzae

virus des oreillons

virus de la rougeole

virus respiratoire syncytial

Picornaviridae

ARN

-

Cubique

Enterovirus

 

 

 

 

Rhinovirus

poliovirus (1-3)

Coxsackie virus (A et B)

Echovirus (1 - 34)

Enterovirus (68 – 71)

virus de l'hépatite A (HAV)

rhumes

Caliciviridae

ARN

-

Cubique

 

agent de Norwalk

virus de l'hépatite E (HEV)

Reoviridae

ARN

-

Cubique

Orthoreovirus

Rotavirus

inf. respiratoires, digestives

gastro-entérites infantiles

Rhabdoviridae

ARN

+

Hélicoïdale

Lyssavirus

virus de la rage

Filoviridae

Arbovirus

ARN

+

Hélicoïdale

 

virus Marburg

virus Ebola

Togaviridae

 

Arbovirus

ARN

+

Cubique

Flavivirus

 

Alphavirus

Rubivirus

virus de la fièvre jaune

virus de l'hépatite C (HCV)

encéphalites

virus de la rubéole

Coronaviridae

ARN

+

Hélicoïdale

Coronavirus

inf. respiratoires et digestives

Arenaviridae

Arbovirus

ARN

+

Hélicoïdale

Arenavirus

fièvres d'Amérique du Sud

fièvre de Lassa

Bunyaviridae

Arbovirus

ARN

+

Hélicoïdale

Bunyavirus

Hantavirus

Phlebovirus

fièvres hémorragiques

fièvre hémorrag. avec synd. rénal

fièvres

Retroviridae

ARN

+

?

Lentivirus

Oncornavirus

VIIH (sida)

HTLV (lymphome)

 

 

 

Résumons le tout dans  un tableau :

Virus

Nature

Brins

Structure

Polarité

Taille

(kb)

Segments

génome infectieux

polymérase virale

passage

nucléaire

Poxviridae

ADN

2

L

 

280

1

-

+

-

Herpesviridae

ADN

2

L

 

200

1

+

-

+

Adenoviridae

ADN

2

L

 

38

1

+

-

+

Papovaviridae

ADN

2

C

 

5-8

1

+

-

+

Hepadnaviridae

ADN

2

Cp

 

3

1

-

+

+

Parvoviridae

ADN

1

L

+ ou -

5

1

+

-

+

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Picornaviridae

ARN

1

L

+

7

1

+

 

-

Caliciviridae

ARN

1

L

+

8

1

+

 

-

Togaviridae

ARN

1

L

+

12

1

+

 

-

Flaviviridae

ARN

1

L

+

11

1

+

 

-

Coronaviridae

ARN

1

L

+

30

1

+

 

-

 

 

 

 

 

 

 

 

 

-

Rhabdoviridae

ARN

1

L

-

13

1

-

+

 

Paramyxoviridae

ARN

1

L

-

13

1

-

+

-

Orthomyxoviridae

ARN

1

L

-

16

8

-

+

+

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Bunyaviridae

ARN

1

L

- et + /-

14

3

-

+

 

Arenaviridae

ARN

1

L

- et + /-

14

3

-

+

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Reoviridae

ARN

2

L

 

23

10-11

-

+

-

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Retroviridae

ARN

1

L

+

11

diploïde

-

+

+

L = Linéaire

C = Circulaire

Cp = Circulaire partiel

ns = génome non segmenté

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