En amont du site d'initiation de la transcription d'un gène, on trouve une région de contrôle de la transcription très complexe constituée de courtes séquences (de 6 à 8 nucléotides le plus souvent, parfois plus) sur lesquelles peuvent se fixer spécifiquement des facteurs de transcription. La fixation augmente (ou diminue) la quantité d'ARN-messager synthétisée, ce qui ajuste le taux de transcription en fonction des besoins de la cellule.
Exemple du gène codant l'interleukine (IL-2)
En amont du gène codant l'IL-2, on trouve, dans la région de contrôle, six séquences régulatrices sur lesquelles divers facteurs de transcription peuvent se fixer :
Nuclear factor of activated T cells