Molécules HLA (ou CMH) de classe I
Il a été possible de cristalliser une molécule de classe I du CMH, ce qui a permis son analyse par diffraction des rayons X.

Deux régions de la chaîne a ( a1 et a2) ont une conformation "en niche" au sein de laquelle un peptide (de 8 à 10 acides aminés) peut se fixer au cours de la synthèse des molécules du CMH. L'ensemble "CMH I + peptide" est présenté aux lymphocytes TCD8 cytotoxiques.
Les molécules de classe II ont une conformation presque identique ; la niche est remplacée par une "mâchoire" qui permet la fixation d'un plus grand peptide (13 acides aminés au moins). L'ensemble "CMH II + peptide" est présenté aux lymphocytes TCD4 auxiliaires.

 

Une vue aérienne des régions  a1 et a2 permet de visualiser la "niche".

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